承担全市食品药品监督管理机构向国家局及省局申请的专项经费的预算编制、对下划拨、监督使用、报告上报及专项审计工作；负责国家局及省局安排的各类临时专项活动经费的组织及实施；制定本系统财务管理制度及专项经费管理制度并监督实施；负责制定本系统基础设施建设、装备中长期规划并组织实施；负责国家局及省局对所属机构划拨的资产进行调拨、购置和监管；承担系统行政处罚收入的管理监督工作；承担系统有关行政事业性收费的管理监督工作；负责机关及直属单位财务审计和本系统专项经费跟踪审计工作。